1937年至1944年间，马本斋指挥所部回汉战士同日伪军作战，消灭日伪军3.6万余人，被毛泽东誉为“百战百胜的回民支队”。

　　1944年1月，他抱病为部队作了最后一次动员报告，叮嘱同志们：“要跟着党，跟着毛主席，抗战到底!”同年2月7日，马本斋病逝，终年42岁。 ​​​​